Игра рассказывает нам о том, как Кортекс с Н. Тропи, выбрался из временной ловушки, разрушив границы времени и пространства. На этот раз они угрожают не только своему миру, но и всей мультивселенной. После чего, главный герой находит маску Лани-Лоли, где и начинается его неспокойная жизнь.
Крэшу и Коко предстоит спасти мироздание, объединив четыре квантовые маски и изменив законы реальности, отправившись в другое время и измерения, чтобы остановить Доктора Нео Кортекса, Нефариуса Тропи и Ука Ука, устроивших квантовый разлом.